L'ISEN constitue l'une des rares écoles d'ingénieurs à proposer une section musique-études.

La section Musique-études est organisée avec le Conservatoire National de Musique ou des écoles de musique. Environ 25 à 30 étudiants bénéficient ainsi chaque année d'un aménagement d'horaires et d'une salle de répétition. Ils ont ainsi la possibilité de suivre leurs cours d'élèves-ingénieurs et de préparer concours et médailles dans leur domaine de prédilection : piano, saxophone, trompette, percussion, écriture musicale, violon, guitare classique.

Un grand concert chaque année. Ouverte vers l'extérieur, la section musique-étude organise, chaque année, un grand concert avec l'Orchestre d'Harmonie du Conservatoire. Une occasion pour les 300 personnes présentes de découvrir un compositeur et de ré-entendre un grand classique, de Léonard Bernstein à Chostakovitch en passant par Ennio Morricone ou Emmanuel Chabrier.

Un concert "privé". Organisé au profit d'une cause humanitaire, le concert privé réunit élèves et enseignants pour un pot-pourri de jazz, de classique, de rock et de musiques étrangères : une occasion de fête où l'on découvre qu'un professeur de maths cache des talents insoupçonnés de chanteur de blues !

Développée sur le campus de Lille, cette section est aussi possible sous certaines conditions sur le campus de Brest et de Toulon.