L'organisation de l'ISEN vise à développer une même formation sur plusieurs campus (Bitche, Brest, Lille, Rennes, Toulon et Orléans) et offrir ainsi un accès régional à une formation de dimension nationale.

Sur le plan des relations industrielles, cette organisation permet à l’ISEN une meilleure insertion dans le tissu économique régional français.

L’ISEN fonctionne sur le modèle suivant

Des Conseils d'Administration impliquent les entreprises, les collectivités locales et l'éducation dans la politique générale de l'école.

Chaque campus est piloté par son Conseil d'Administration, composé de professionnels issus des entreprises partenaires de l'ISEN, des collectivités locales et du monde de l'enseignement.

• L'ISEN-Brest est présidé par Gérard JOUSSET, Vice-Président de CS Systèmes
• L'ISEN-Toulon est présidé par Paul FRIEDEL, Directeur de la Recherche de Orange
• L'ISEN-Lille est présidé par Claude LAMOTTE, Administrateur de la Banque Scalbert Dupont

Par ailleurs, un Conseil d'Administration des trois campus constitue le garant d'un politique globale. Il est présidé par Claude LAMOTTE.

Au sein de ces Conseils sont réunis des représentants des collectivités locales (Régions, Départements, Communautés urbaines, ...) de l'enseignement catholique et des entreprises (ANVAR, ALCATEL, AUCHAN, BULL, COFRAMI,CS Communication et Systèmes, EDF, EADS,IBM, STERIA, SAPE,THALES, SOPRA, TEXAS INSTRUMENT, ST MICROELECTRONICS, IFREMER, ...)

Des Directions pour chacun des campus sont composées de la manière suivante :

Campus ISEN-Brest (450 étudiants)

Directeur : Marc FAUDEIL
Enseignement : Jean-Yves MULOT
Recherche : Gilles KERYER
Classes préparatoires : Yann RIOU

Campus ISEN-Lille (660 étudiants)

Directeur : Pierre GIORGINI
Secrétaire Général : François DUMOULIN
Enseignement : Andreas KAISER
Recherche : Didier STIEVENARD
Classes préparatoires : Paul-Henri BRICOUT

Campus ISEN-Toulon (405 étudiants)

Directeur : Bernard PETITPREZ
Enseignement : Philippe OUILLON
Recherche : Didier GOGUENHEIM

Les classes préparatoires de Bitche (40 étudiants)

Elles sont rattachées à la Direction Générale.
Les étudiants qui en sortent, peuvent accéder au campus de leur choix.

Un comité exécutif pour l’ensemble des campus de Brest, Lille et Toulon est composé de :
Directeur Général : Pierre GIORGINI
Directeur Administratif et Financier : François DUMOULIN
Directeur de l'ISEN-Toulon : Bernard PETITPREZ
Directeur de l'ISEN-Brest : Marc FAUDEIL
Directeur de l'Enseignement : Andreas KAISER
Directeur de la Recherche : Michel LANNOO
Directeur des Classes Préparatoires : Paul-Henri BRICOUT