Il est possible de réaliser certaines années du parcours ISEN sous le mode de l'alternance via les contrats de professionnalisation.

En 3ème année du Cycle Informatique et Réseaux (CIR)

Le calendrier de la 3ème année du Cycle Informatique et Réseaux permet aux étudiants qui le souhaitent d'opérer dans le cadre de l'alternance. L'alternant devient alors un salarié en contrat de professionalisation pendant une année avec  une entreprise. Les élèves-salariés sont à l'ISEN les deux premiers mois de la formation (septembre et octobre). Du mois de novembre au mois d'août de l'année suivante, les élèves alternent à raison de deux semaines à l'ISEN pour six semaines en entreprise. La scolarité est gratuite pour ces élèves qui sont par ailleurs réménurés par l'entreprise d'accueil. Cette expérience professionnelle leur permet, entre autres, d'optimiser le choix de la majeure qu'ils auront à faire pour les années 4 et 5. Pour l'année 2009-2010, l'ISEN travaille notamment avec  les entreprises Alcatel-Lucent, Crédit Mutuel, Ifremer, Thales... 

En 5ème année

Au début de l'année 2009-20010, 24 étudiants de dernière année ont opté pour la formule de l'alternance. L'emploi du temps est construit de telle manière qu'ils puissent suivre tous les cours de dernière année comme les élèves sous statut étudiant. Ils obtiennent évidemment tous le même diplôme d'ingénieur. Cette formule prépare au mieux l'intégration dans le monde de l'entreprise et permet également le financement des études puisque les jeunes sont rémunérés pendant les douze derniers mois de la formation. Les entreprises d'accueil sont diverses : Alcatel-Lucent, Crédit Mutuel, DCNS, EADS, Orange, ST Microelectronics, Thales...